Principi sinteze nukleinskih kiselina

Sinteza nukleinske kiseline provodi se metodom sijaličnog amida triglicerida u čvrstoj fazi, pri čemu se 3' kraj DNA imobilizira na supstratu u čvrstoj fazi, a nukleotidi se dodaju u smjeru od 3' do 5' dok se ne sintetizira željeni fragment DNA. .Ovo se razlikuje od sinteze DNA primjenom DNA polimeraze.

3' kraj prve baze imobiliziran je na CPG tijekom sinteze, 5'-OH sljedeće baze zaštićen je di-p-tolil tritil DMT-om, amino skupina na bazi zaštićena je benzojevom kiselinom, a 3' -OH se zatim aktivira aminofosfatnim spojem.1 baza od 5 5'-OH od 1 baze i 3'-OH od sljedeće baze formiraju fosfitni triglicerid, koji se zatim oksidira jodom u fosfatni triglicerid, protektant na drugoj bazi 5'-OH se uklanja pomoću dodavanje dikloroctene kiseline DM kruži kroz dodavanje sljedeće baze, a nakon sinteze protektant na 5'-OH se uklanja slabom kiselinom Fragment se odvaja od krute smole koncentriranim amonijevim hidroksidom, protektant se uklanja iz baze s koncentriranim amonijevim hidroksidom uz zagrijavanje, amonijev hidroksid se ukloni, fragment se osuši u vakuumu, a nukleinska kiselina se pročisti tekućinskom kromatografijom ili PAGE.

Koraci oligosinteze

Deblokiranje

The5 kraj DMT zaštitne skupine uklanja se dodavanjem TCA otopine.

Aktivacija

Miješanje aktivatora s oligonukleotidnim monomerom da se dobije aktivni oligonukleotidni monomerni intermedijer.

Spojnica

5-terminalna hidroksilna skupina reagira s aktivnim oligonukleotidnim intermedijerom u reakciji antigenerativne kondenzacije da bi se stvorila nestabilna fosfitna trigliceridna veza.

Zatvaranje 

Dodavanje sredstva za zatvaranje izvodi reakciju zatvaranje acetilacije s viškom hidroksilnih skupina koje nisu uključene u reakciju kondenzacije.

Oksidacija 

Dodavanje otopine joda koja sadrži vodu reagira s nestabilnim fosfitnim vezama oksidacijom da bi se stvorile stabilne veze triglicerida fosforne kiseline.

Cijanoetilno cijepanje

Produkt nukleinske kiseline nakon sinteze, uz dodatak DEA otopine za uklanjanje cijanoetilne skupine iz fosfatne trigliceridne veze.

Cleaved&Deprotection

Fragmenti nukleinske kiseline se odcjepljuju od nosača krute faze dodavanjem koncentrirane otopine amonijevog hidroksida i zatim zagrijavaju da se uklone zaštitne skupine iz vodikovih veza baza.