U tipičnoj sintezi DNA, RNA i neprirodnih nukleinskih kiselina, korak deprotekcije i spajanja igra ključnu ulogu.
Korak uklanjanja zaštite je uklanjanje DMT skupine na čvrstom nosaču ili 5' hidroksilne skupine na prethodnom nukleozidu s organskom kiselinom, i izlaganje hidroksilne skupine za sljedeći korak spajanja.3% trikloroctena kiselina u diklorometanu ili toluenu uglavnom se koristi za izvođenje koraka deprotekcije.Koncentracija trikloroctene kiseline i vrijeme deprotekcije (vrijeme deblokiranja) dominiraju čistoćom konačnih proizvoda.Niska koncentracija i nedovoljno vrijeme deblokiranja ostavlja DMT skupinu koja nije reagirala, što smanjuje prinos i povećava neželjene nečistoće.Dugo vrijeme deblokiranja može dovesti do depurina sintetiziranih sekvenci, stvarajući neočekivane nečistoće.
Korak spajanja je osjetljiv na sadržaj vode u otapalima i vlagu u zraku.Koncentracija vode u sintezi trebala bi biti manja od 40 ppm, bolje manja od 25 ppm.Kako bi se održalo stanje bezvodne sinteze, sinteza nukleinskih kiselina trebala bi se provoditi u okruženju niske vlažnosti, stoga našim kupcima preporučujemo korištenjeOtopljena oprema za amidite, koji može otopiti praškasti ili uljni fosforamidit u bezvodnom acetonitrilu kako bi se izbjegao kontakt sa zrakom.
Budući da je otapanje fosforamidita bolje u situaciji bez vode, a molekularne zamke za adsorpciju vode u tragovima u reagensima i amiditu, potrebno je pripremitiMolekularne zamke.Preporučujemo sito od 2 g za boce reagensa od 50-250 ml, 5 g za boce reagensa od 250-500 ml, 10 g za boce reagensa od 500-1000 ml i 20 g za boce reagensa od 1000-2000 ml.
Otapanje fosforamidita treba provesti u inertnoj atmosferi, a zamjenu aktivatorskih reagensa i acetonitrila treba završiti na vrijeme.Reagense za zatvaranje i oksidaciju treba upotrijebiti što je prije moguće, otvoreni reagensi daju kraći rok trajanja i manju aktivnost tijekom sinteze.
Vrijeme objave: 9. kolovoza 2022